Первый достоверный письменный источник, касающийся появления стиля бонсай, исходит из Китая и может относиться к эпохе династии Тан (8-10 вв.), где впервые в настенных живописях появляются изображения пеньцзай — растений, взятых из природы и затем пересаженных в горшок. Данное растение выращивалось монахами Будды, вероятно, за пару веков до нашей эры и затем оно стало одним из занятий местных вельмож.

Бонсай украшало японский дом и сад. В эру Токугава парковые дизайны получили новый толчок: выращивать азалию и клён стало времяпрепровождением богатого человека. Карликовые растениеводства (хати-но-ки — «дерево в горшке») тоже развивались, но бонсай тех времен был очень большим.

Сейчас для бонсая пользуются обычными деревьями, маленьким дерево становится благодаря постоянной подрезке и иным методам. При этом соотношение размера корневых систем, ограниченные объёмы плошек, и наземных частей бонсай могут соответствовать пропорции взрослых деревьев в природе.

Таким образом, бонсай представлял на тот момент времени в Японии занятие для богатых людей. Однако на тот период времени бонсаи были очень большими по сравнению с сегодняшними бонсаими, ведь тогда еще не существовало достаточно эффективных технологий, позволяющих уменьшить дерево настолько, чтобы оно смогло поместиться в горшок. Зародилось данное искусство, как упоминалось выше, в Японии, и чтобы научиться по настоящему выращивать бонсай, надо «залезть в шкуру» японца.