Из-за ограниченного места в контейнере, бонсаи требуют за собой особенного ухода. Мелкие контейнеры ограничивают разрастание корневой системы и делают орошение практически искусством. В то время, как некоторые виды растений могут спокойно переживать периоды относительной сухости, другим необходимо постоянно поддерживать приблизительно одинаковый уровень влажности. С другой стороны, очень частый полив или поддержание земли в болотистом состоянии, приводит к грибковым заболеваниям корней. Солнце, жара и ветер могут быстро осушить бонсаи до состояния дефицита воды, поэтому влажность почвы следует отслеживать ежедневно, а полив должен проводится строго по мере необходимости. Почве нельзя давать высыхать и каменеть даже на короткие периоды. Лиственный покров некоторых растений, культивируемых как бонсаи, включая можжевельник обычный, не показывает никаких признаков пересушивания и повреждения еще долго после того, как случилась беда, и даже может выглядеть зеленым и абсолютно здоровый в то время, как корневая система уже полностью отмерла.

     Весной бонсаи обычно пересаживают и подрезают им корни, прежде чем, они окончательно выйдут из периода спячки. В целом, бонсаи пересаживают каждые два года в процессе роста и несколько реже, когда деревья становятся взрослыми. Это предотвращает сдерживание в росте размерами горшка и усиливает рост новых, более здоровых корней, позволяющих дереву более эффективно впитывать влагу.

     Подвязывание бонсаи это один из самых мощных инструментов для контроля формы дерева. Лучшее время подвязывать растение это весна или осень, когда листьев не так много и дерево не будет так жестко затянуто.

     Чтобы подвязать дерево, сначала заверните ствол. Затем заверните каждую ветку по спирали так, чтобы ее можно было привязать. Так дерево будет постепенно отращивать ветки в нужном направлении. Другой метод изменения внешности бонсаи подразумевает привешивание грузков на ветви, чтобы они приобрели эффект старения.

     Лучше всего проводить подвязку перед началом периода интенсивного роста. Дереву нельзя позволять перерастать проволоку, поэтому единственным ограничением для коры становится подвязка, из-за чего устранение инструмента может стать болезненным для растения. Когда придет время снятия проволоки, ее следует срезать маленькими кусочками, а не раскручивать по всей длине – таким образом, лиственный покров будет не так сильно поврежден.

     Почва бонсаи это рыхлая, быстро пропитывающаяся смесь компонентов, обычно на базе гравия или крупного песка, вместе с глиняными камешками или вспученным сланцем в соединении с такими органическими составляющими, как торф или кора. В Японии для бонсаи предпочитают вулканические почвы на базе глины (акадама или канума).

     Некоторым деревьям необходима защита от сезонных зимних явлений – это зависит от того, насколько хорошо растение адаптировано к климату. Во время перемерзания растения умеренного климата впадают в спячку, единственное, что необходимо следить, чтобы листопадные деревья не вышли из спячки слишком рано.

     Растения помещают в неотапливаемые помещения, как, например, гаражи и мульчируют почвенную влагу.